Hakkında “Örgüt üyeliği” suçlaması yöneltilen Yılmaz, Mardin 2. Sulh Ceza Hâkimliği’ne sevk edildi.
Sulh Ceza Hâkimliği, Demokratik Toplum Kongresi (DTK) faaliyetleri, beş gizli tanık beyanı gibi gerekçelerle adli kontrol hükümlerinin yetersiz olacağı ve kuvvetli suç şüphesinin oluştuğunu iddia ederek Yılmaz'ın tutuklanmasına karar verdi. Yılmaz, Mardin E Tipi Kapalı Cezaevi’ne gönderildi.
Görevden alınan Yılmaz’ın yerine “belediye başkan vekili” olarak Kızıltepe Kaymakamı Hüseyin Çam görevlendirilmişti.