Ryan, Cumhuriyetçi Parti'nin merkez binasında gazetecilere, Orlando'da çoğunlukla eşcinsellerin gittiği gece kulübüne hafta sonu düzenlenen ve 49 kişinin hayatını kaybettiği saldırı sonrasında Trump'ın Müslümanları hedef alan sözlerini değerlendirdi. Ryan, “Müslümanların ABD'ye girişini engellemek ülkemizin çıkarlarıyla uyuşmamaktadır” dedi.
Orlando saldırısı sonrasında Müslümanların ABD'ye girişine yasak getirilmesine yönelik açıklamalarını tekrarlayan Trump'ın sözlerini eleştiren Ryan, “Bu öneri sadece partimizin değil ülkemizin de değerlerini yansıtmamaktadır” ifadesini kullandı.Müslümanların ABD'nin müttefikleri olduğunu belirten Ryan, şunları kaydetti: “Her Amerikalının şunu bilmesi gerekmektedir ki bizim savaşımız aşırıcılarla. Bu İslam'a karşı yapılan bir savaş değildir. Müslümanlar bizim müttefiklerimizdir. Dünyanın genelinde ve bu ülkedeki Müslümanların çok büyük bir bölümü barış yanlısı ve ılımlıdır.” Trump, Orlando saldırısı sonrasında New Hampshire'da destekçilerine yaptığı konuşmada, Orlando'daki saldırıyı düzenleyen New York doğumlu Omar Mateen'in ailesinin Afganistan'dan gelerek ABD'ye yerleştiğini hatırlatmış ve "Katilin Amerika'da olmasının tek sebebi bizim ailesinin buraya gelmesine izin vermiş olmamız” şeklinde konuşmuştu.